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苹果短信清空后仍然显示一个1，这通常意味着短信应用中的某个地方仍然有未读或未处理的消息。这可能是由以下几个原因导致的。
1、未完全删除短信：可能只是删除了部分短信，而仍有未读短信留在短信应用中，可以进入短信应用，检查是否有未读或未处理的消息。
2、通知标记未更新：即使短信已经被删除，通知中心的标记可能没有及时更新，可以前往设置中的通知部分，找到短信应用，然后尝试关闭并重新打开相关的通知设置。
3、短信应用出现错误：可能是短信应用本身出现了错误或者缓存问题，可以尝试关闭短信应用，然后重新打开，或者重启设备来刷新应用状态。
4、系统错误：可能是iOS系统出现了错误，可以尝试进行设备的软件更新，或者恢复默认设置来解决系统错误。
如果以上方法都无法解决问题，建议联系苹果官方客服以获得更专业的帮助，他们可以通过远程诊断或者建议你到附近的苹果维修点进行设备检查。